Am 5. März 1945 nahmen amerikanische Truppen Köln ein. Bis zuletzt sollten die Kölner ihre Stadt verteidigen. Einen Gefechtsstand hatte man kurz vor dem Einmarsch an die Ecke Feldgärtenstraße vor dem St. Agatha Krankenhaus in Köln-Niehl angeordnet. Doch die Schwestern wehrten sich unter Berufung auf die Genfer Konvention gegen die Einbringung von Schießscharten in die Umfriedung ihres Hauses. Das schon zuvor von einer Bombe getroffene und mit Patienten besetzte Krankenhaus hätte einen Panzerbeschuss auch nicht überlebt.
Während die Krankenhäuser St. Agatha in Köln-Niehl und St. Antonius in Köln-Bayenthal den Krieg fast unbeschädigt überstanden, sah die Situation in der Kölner Südstadt anders aus. Die Altstadt war bei Kriegsende zu fast 95 Prozent zerstört, die Bevölkerung aus dem linksrheinischen Teil geflohen, die Kapazität an Krankenhausbetten war von 7500 auf 1500 zivile Betten gesunken.
Das Severinsklösterchen und die Kriegszeit
Bis zuletzt hatten Ärzte und Schwestern im Krankenhaus der Augustinerinnen - Severinsklösterchen an der Jakobstraße ihren Dienst getan. Die Betondecken des Neubaus von 1929 hatten das Gebäude vor den schwersten Schäden bewahrt, sodass die Versorgung von Patienten im provisorisch eingerichteten Erdgeschoss und im Keller gesichert war. So ist auch zu erklären, dass man damals vom Severinsklösterchen als „erstem Haus hinter dem Hauptbahnhof“ gesprochen hat, denn die meisten Häuser auf den 1,5 km zwischen Bahnhof und Krankenhaus waren zerstört worden. Die hygienischen Zustände waren im gesamten Stadtgebiet katastrophal. Die Krankenhäuser versorgten nicht nur die Verwundeten, sondern mussten auch mit der Seuchengefahr umgehen. Das Fleckfieber, das auch als Hungeroder Kriegstyphus bekannt ist, barg zeitweise die größte Gefahr für die Bevölkerung. Insbesondere im Februar und März 1945 grassierte die Krankheit in Köln.
Im Severinsklösterchen war eine Isolierabteilung in der alten Röntgenstation eingerichtet worden. Unter einfachsten Bedingungen und fast ohne Medikamente und Desinfektionsmittel versuchten Ärzte und Schwestern, die Patienten zu retten. Zu den 64 Patienten, die dort isoliert waren, gehörten auch neun Ordensschwestern, von denen vier starben.
Zu Kriegsende existierten in ganz Köln noch genau zwei intakte Röntgengeräte, die auch nur wenige Stunden am Tag Strom hatten. Weiterhin registrierte man in der Stadt noch etwa 80 Ärzte, teilweise mit vorzeitigem Medizinabschluss durch Notapprobation. Keine der verbliebenen zehn Apotheken konnte das neu entwickelte Penicillin ausgeben, ohne das selbst harmlose Verletzungen durch Wundinfektion noch Jahre später zum Tod führen konnten.
Der finale Fliegerangriff vom 2. März 1945 hatte zudem alle Strom-, Gas- und Wasserleitungen zerstört, und es dauerte fast einen Monat, bis die Pumpwerke wieder liefern konnten. Allerdings dürfte das „Wasser vun Kölle“ damals nicht besonders „joot“ geschmeckt haben: Es wurde zum Schutz vor Bakterien mit reichlich Chlor versetzt. Ohnehin nutzte die Bevölkerung schon die öffentlichen Wasserpumpen. D och die Ordensschwestern ließen sich von der Situation der Stadt nicht einschüchtern. Als im Sommer 1945 die evakuierten Schwestern zurückkamen, begannen sie sofort mit dem Wiederaufbau des Krankenhauses.